Первая же в мире зарегистрированная аптека открылась в VIII веке в столице Арабского халифата — городе Багдаде. Значительно позже, в XI веке, они появились в Испании, а затем и во многих городах Европы. С самого начала аптеки занимали особое место среди торговых предприятий. Их учреждение, формы функционирования, квалификация работников, цены на лекарства, порядок их отпуска и хранения регламентировались правилами, имевшими силу закона. В этом смысле наиболее показателен декрет одного из самых образованных людей своего времени Фридриха II Штауфена (1194—1250), короля Сицилии, германского короля и императора Священной Римской империи. Изданный в 1224 году, этот документ впервые разграничил функции врача и аптекаря. Врачам запрещалось готовить и продавать лекарства, а аптекарям лечить больных, то есть каждый должен был заниматься своим «узкоспециальным» делом, ибо у каждого оно ответственное и сверхсложное.

Первая российская аптека, открывшаяся в 1581 году, обслуживала царскую фамилию. Для простого люда лекарства продавались в зеленных и москательных лавках, и такая свободная торговля «зельем» часто приводила к отравлениям и злоупотреблению ядовитыми и сильнодействующими веществами. В связи с этим в Москве в 1672 году была открыта первая аптека для населения города, а с 1701-го после разрешения Петром I частных аптек и запрещения продажи лекарств в лавках была введена так называемая аптечная монополия. На определенной территории разрешалось открывать только одно такое заведение. 

К концу XVIII века в России их было уже свыше ста. Аптечным делом в стране с момента открытия первой аптеки ведала Аптекарская палата, преобразованная в 1594-1595 годах в Аптекарский приказ, который в свою очередь в 1714-м был переименован в Канцелярию главнейшей аптеки, в 1725-м - в Медицинскую канцелярию, а в 1763-м - в Медицинскую коллегию. Деятельность аптек была регламентирована изданным в 1789 году Аптекарским уставом Свода законов Российской империи. Один из параграфов этого устава гласил: «Аптекарь, яко добрый гражданин, верно хранящий присяжную должность, повинен быть искусен, честен, совестен, благоразумен, трезв, прилежен, во всякое время присутствен и исполняющий звание свое всеобщему благу соответственно».

В виде штампа на аптекарских российских документах, сигнатурах и упаковках ставилось изображение государственного герба. Аптеки освобождались от налогов, воинских постоев и других повинностей. Льготы были своеобразной компенсацией строгого режима, установленного государством. Все медикаменты, применяемые для изготовления лекарств в аптеке, должны были соответствовать по качеству установленным стандартам. Была введена и аптекарская такса (официальный документ с расценками) для ограничения роста цен на лекарства. А управление заведением доверялось только лицу, получившему специальное образование.